Die BG Kliniken sind eine gemeinnützige Unternehmensgruppe mit Holdingstrukturen und verschiedenen Gremien.
Als oberstes Entscheidungsgremium trifft die Gesellschafterversammlung alle Grundsatzentscheidungen der BG Unfallklinik Murnau gGmbH und beruft deren Geschäftsführung. In der Gesellschafterversammlung ist jeder Gesellschafter paritätisch durch Vertreter der Arbeitgeber- und Versichertenseite aus seinem Vorstand und einem Mitglied seiner Geschäftsführung vertreten. Die Gesellschafterversammlung wählt aus ihrer Mitte je einen Vorsitzenden aus der Gruppe der Arbeitgeber und der Versicherten. Zwischen diesen wechselt der Vorsitz jährlich. Dem Kreis der Gesellschafter der BG Kliniken gehören ausschließlich Träger der gesetzlichen Unfallversicherung Deutschlands an.