Die Geschäftsführung der BG Klinikum Hamburg gGmbH wird von der Gesellschafterversammlung berufen. Ihr obliegt insbesondere die Führung der laufenden Geschäfte der Gesellschaft, die Aufstellung der Wirtschaftspläne sowie die strategische Planung. Sie hat dafür Sorge zu tragen, dass alle satzungsmäßigen Vorgaben zur Erfüllung des Auftrages der Gesellschaft unter Beachtung ihrer gemeinnützigen Ausrichtung eingehalten werden. Die Geschäftsführung berichtet an die Gesellschafterversammlung und die Konzerngeschäftsführung.